综合性生物医学数据库
PubMed 由美国国立医学图书馆提供的文献数据库，内容涉及生物医学的各个领域，包括Medline等
中国生物镜像

核酸序列数据库
GenBank - 由美国国立医学图书馆提供的核酸数据库，收录了所有公开的核酸序列
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EMBL - EMBL Nucleotide sequence database (EBI)
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DDBJ - 这是日本遗传学研究所 (NIG)信息生物学中心的关于DNA数据库的网页
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BIOSINO 我国的核酸序列公共数据库

基因组及相关数据库
GSDB - (美国)国家基因组资源中心(NCGR)的基因组序列库 (GSDB)
GDB - 这是由美国Johns Hopkins大学医学院维护的一个数据库, 主要收录人类基因组数据，包括遗传图谱和物理图谱，各种标记，基因的多样性和变异等

核酸三维结构数据库
NDB - 收集了核酸的结构信息
BNASDB - 这是印度Pune大学生物学信息中心提供的一个核酸结构查询界面, 可免费查询

蛋白质序列数据库
SWISS-PROT - 主要的蛋白质序列数据库，由瑞士日内瓦大学建立维护
MIPS - Martinsried institute提供的蛋白质序列，酵母基因组数据库
PROSITE - PROSITE dictionary of protein sites and patterns

蛋白质三维结构数据库
PDB - 以储存、整理、发布生物大分子结构信息为主的数据库，由结构生物信息学研究会（RCSB）主持
SCOP - 这是由英国分子生物MRC实验室与蛋白质工程中心创建的蛋白质结构分类数据库, 目的是对所有已知结构的蛋白质提供结构与演化的综合性描述[Mirror at USA | Israel | Singapore | Australia]

蛋白质二维凝胶电泳数据库
WORLD-2DPAGE - A complete index of 2D-PAGE db and servers
Phoretix links - Phoretix page of links to 2D gel db

信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库
DIP - Db of Interacting Proteins
INTERACT - Protein-Protein interaction db
ProNet - Protein-Protein interaction db
CANSITE - Signal Transduction's Web
SPAD - Signaling pathway db
CSNDB - Cell Signaling Networks db

DNA和蛋白质相互作用数据库
DPInteract - DNA-Proteins interactions db

其他数据库
Rebase- 限制性内切酶和甲基化酶的数据库
dbVector- 载体序列等资料库
wdcm- 微生物资料数据库
RLDB- 粘粒克隆
CpG island database
Klotho- 生物化学化合物表述数据库(美国),其目的是企图用生物化学的手段来对生物过程进行模拟
UM-BBD- 美国明尼苏答大学建立的生物催化/生物降解数据库。提供生物化学中重要的关于微生物酶催化反应的信息
AGIS- 由美国马里兰大学植物生物系, 美国农业部等单位联合创建的农业基因组信息服务系统。该系统目前主要包括农作物与牲畜品种的基因信息, 也包括与这些信息有关的数据库, 如: 种质与植物命名数据库等